Кыргызстан ислам университетинин миссиясы – Диний тармактын туруктуу өнүгүүсү үчүн илимдердин, инновациялардын жана технологиялардын жетишкендиктерине таянып, атаандаштыкка тең тайлашкан билим берүүнү, илимий изилдөөнү камсыздоо жана коомдун адеп-ахлактык, эстетикалык-маданий баалуулуктарын бекемдөө.
Миссия исламского университета Кыргызстана – Обеспечение конкурентноспособного образования и научного исследования на основе достижений наук, инноваций и технологий в целях устойчивого развития религиозной отрасли и укрепление духовно-нравственных, эстетико-культурных ценностей общества.
The mission of the Islamic University of Kyrgyzstan – Is to provide quality of education and scientific research which based on the achievements of sciences, innovations and technologies for the sustainable development of religious growth and to form the preservation and enhancement of spiritually moral, aesthetic and cultural values of society.