Кыргызстан Ислам университети — Кыргызстан мусулмандарынын дин башкармасынын (КМДБ) алдында Ислам дининин баалуулуктарын жана шарият өкүмдөрүн илимий негизде үйрөткөн жогорку окуу жай. 1990-жылдардын башында Кыргызстандын диний башкармалыктын башчысы Кимсанбай ажы Абдрахманов Бишкек шаарында Ислам медресесин ачуу демилгесин көтөрүп чыккан. Ошентип, 1991-жылдын башында Бишкек шаарында Азирети Умар атындагы Ислам медресеси ачылган.
Өнүгүүнүн туура багытын карманган медресе тез аранын ичинде эле, тагыраак айтканда, 1993-жылы КМДБнын алдындагы Азирети Умар атындагы Ислам институтуна айланган. Өлкөбүздөгү мусулман коомчулугунун арасында белгилүү абройго жетише алган институт 2003-жылы 25-апрелиндеги Кыргызстан Мусулмандарынын II курултайынын жана Уламалар Кеңешинин чечими менен университет статусуна ээ болуп, Кыргызстан Ислам университети (КИУ) деп аталды. Медресе учурунда 4 гана устаз болгон болсо, институт кезинде (1998-жылы) 25 устаз жана 280ден ашуун талаба (окуучу) болгон. Азыркы учурда университетте 72 окутуучу эмгектенип, өлкөбүздүн ар кайсыл аймагынан жана чет өлкөлөрдөн келген 1000ден ашуун студент билим алууда. Учурда окутуучулардын курамында илимдин докторлору жана профессорлор бар.
2017-жылы Теология адистиги боюнча жана 2018-жылы Араб филологиясыогиясы адистиги боюнча Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин лицензиясы берилди. Учурда Гуманитардык билим берүү факультетинин алдында Теология, Табияттык-гуманитардык сабактар, Араб филологиясы кафедралары мамлекеттик стандарттын негизинде иш алып барууда. Ошондой эле шарият кафедрасы, Бишкек Куран курсу жана Ош Куран борбору ата-бабаларыбыздан бери келе жаткан нукура, орто динди карманган, диний адистерди даярдоодо. Кыргызстандагы диний окуу жайлардын флагманы болгон Кыргызстан Ислам университети Ислам тармагындагы жогорку билимдүү кызматкерлерди, дасыккан адистерди даярдап келүүдө. Университеттин бүтүрүүчүлөрү дин тармагындагы бардык жааттарда, ошондой эле ЖОЖдордо, элчиликтерде да алгылыктуу иштеп, диний үгүт-насаат иштерин жүргүзүп, мамлекетибизге өз салымын кошуп келүүдө.